Los problemas internos de nuestro país ya habían comenzado. Güemes estaba centrado en una lucha con el Gobernador de Tucumán, Bernabé Aráoz. Con el pretexto de que el héroe de la batalla de Tucumán apoyaba a los españoles, movilizó sus tropas para enfrentarlo en la Batalla de Marlopa el 2 de abril de 1821, en la que fue derrotado. Desmoralizado el caudillo norteño volvió a Salta y comenzó una persecución a quienes se habían revelado a su gobierno, lo que provocó que varias familias salteñas buscaran auxilio en la provincia de Jujuy, donde fueron bien recibidos.

El general jujeño José Ignacio Gorriti, quién había quedado a cargo de la gobernación salteña (durante la campaña a Tucumán) renunció y se retiró a sus campos, en clara actitud de no inmiscuirse en estas peleas internas. Los españoles, dirigidos por el General Pedro Antonio de Olañeta, vieron la posibilidad de una nueva invasión y avanzaron por el norte, a partir del 10 de marzo. Su retraso se debió a los ataques sufridos por los gauchos quebradeños en Humahuaca, Laguna Colorada, San Lucas, Valle Grande, Uquía y Tilcara.

El coronel Guillermo Marquiegui, (junto a su hermano Felipe, ambos cuñados del General Pedro Antonio Olañeta) que se hallaba a cargo de la vanguardia española, invadió la ciudad de San Salvador de Jujuy, pero ante la hostilidad del pueblo decidió retirarse hasta la localidad de León a la espera de las tropas de Olañeta, que avanzaba por la Quebrada de Humahuaca.

Ante esta situación, el pueblo de Jujuy fue a buscar al General José Ignacio Gorriti para que asuma la Gobernación y se enfrente a las tropas españolas. Gorriti, delega el mando en el Cabildo y se hace cargo de las tropas próximas a la ciudad, sumando gauchos de Palpalá, Los Alisos y Perico, decidiendo atacar y sorprender a los invasores que estaban a cargo de Marquiegui, quienes se hallaban descansando en el pueblo de León , confiados en los conflictos de la Gobernación de Salta.

El combate comienza a la madrugada y se desarrolla durante todo el día, siendo tomados prisioneros 4 jefes, 12 oficiales y más de 400 soldados. En medio del combate, Guillermo Marquiegui pierde uno de sus brazos, además de numeroso armamento y cabalgaduras. Enterado Olañeta de la derrota sufrida por su cuñado, planifica un ataque sorpresivo por la Quebrada de Tiraxi para sorprender por la retaguardia a Gorriti y recuperar su tropa.

Enterado el general jujeño de sus intenciones, lo amenaza con la promesa de fusilar a sus cuñados y a la tropa realista, provocando el inmediato retiro de los españoles a localidad de Mojos en Bolivia, donde esperan un recrudecimiento del conflicto entre Salta y Tucumán, lo que le brindaría una nueva oportunidad para invadir el norte argentino. Solo deja un destacamento de 300 hombres en Yavi a cargo del Comandante José María “Barbarucho” Valdez.

Lo más importante de esta batalla fue la participación de todo el pueblo jujeño y de los salteños perseguidos por Güemes (que habían sido acusados de pro realistas) debido a que la mayoría de las tropas, que se hallaban en Jujuy, habían sido trasladadas a Salta, dejando desprotegida esta ciudad, por eso es destacable la participación de toda la comunidad.

El historiador Emilio Bidondo es el que mejor describe el Día Grande de Jujuy resaltando que “es el resultado espontáneo, individual y colectivo de la voluntad de un pueblo que, abandonado por el poder central, envuelto en la vorágine de la guerra civil, sin recursos, diezmado por años de continuo batallar, resuelve afrontar la dura empresa de la lucha contra los enemigos de la libertad y sale triunfante de la prueba a la que se somete. Este es un digno ejemplo para las generaciones posteriores”.

Señala más adelante que “en medio de las luchas intestinas, Jujuy saca fuerzas de donde no hay nada, e impulsado por el espíritu de la Revolución, bate a tropas regulares veteranas, con milicias, hombres, mujeres y niños. Tal es la razón por la cual esta acción (una más del centenar libradas en esta provincia) merece pasar a la historia con el nobilísimo título del “Día Grande de Jujuy”, aunque a mi parecer, también, es un día grande para nuestra Independencia.